La storia del gioco di carte collezionabili Ange Vierge segue ciò che accade quando i portali "Hairou" si aprono improvvisamente, fondendo insieme tre mondi diversi. Di conseguenza, vari misteriosi poteri "Exceed" vengono risvegliati nelle ragazze adolescenti. Un'accademia per queste cosiddette ragazze del "progresso" viene costruita sull'isolata isola di Seiran nel Pacifico.