Tutti nel mondo utilizzano le app per smartphone. Ma al loro interno si nascondono creature sconosciute chiamate "Appli Monsters" o "Appmon". Gli Appmon sono forme di vita AI con la capacità di pensare e agire, ed esistono al confine tra il mondo umano e lo spazio digitale per consentire alle persone e al sistema di interfacciarsi e funzionare. Ma nel vasto mare di Internet, l'"ultimo boss IA" Leviathan prende il controllo dell'Appmon con un virus e inizia ad hackerare ogni sistema, iniziando così a controllare il mondo umano dal mondo della rete. Il protagonista, Haru Shinkai, viene portato ad acquisire l'Appli Drive e lo usa per materializzare Gatchmon, un mostro di app di ricerca. Qual è il segreto nascosto all'interno di Appli Drive? Qual è il campo misterioso che esiste tra il mondo della rete, dove esistono gli Appmon, e il mondo reale? Che cos'è l'"App Combine" che può combinare due Appmons? Qual è il vero obiettivo del Leviatano?