Panoramica:
Takato Matsuda, Ruki Matsuno e Lee Jenrya sono bambini che, per destino, hanno ricevuto veri Digimon, a differenza di quelli immaginari nel gioco di carte a cui giocano. Ognuno dei bambini, o "Domatori di Digimon", ha le sue diverse opinioni su come i Digimon dovrebbero essere trattati. Ma quando altri Digimon iniziano ad apparire in giro per il Giappone, devono mettere da parte le loro differenze per respingere gli intrusi digitali; anche se Yamaki, che è il capo di un'organizzazione segreta chiamata Hypnos, sta cercando di eliminare tutti i Digimon da solo.