Panoramica:
La storia è ambientata dopo la fine delle finali del torneo Holy Road del primo anime di Inazuma Eleven GO, e Tenma torna alla Raimon Junior High School. Tuttavia, questa non è la Raimon che Tenma ricorda, e i membri della squadra Raimon non giocano più a calcio.
Tenma si rende conto che questo è un mondo parallelo quando Alpha, il capitano e attaccante della squadra Omega del Protocollo, appare davanti a lui. Alpha fa parte di un progetto segreto nel futuro per spazzare via il calcio.
Per aiutare Tenma nelle sue avventure, il furgone Inazuma Caravan visto nel precedente anime di Inazuma Eleven è stato modificato in una macchina del tempo volante.