Panoramica:
73 E.V.: Mentre la seconda battaglia di Yachin Due ha portato la guerra tra i Naturali e i Coordinatori alla fine, le tensioni tra le due razze sono ai massimi storici. Durante un incontro tra il presidente di PLANT Gilbert Dullindal e il rappresentante di Orb Cagalli Yula Athha, un'unità di soldati dirotta i Gundam di nuova concezione di ZAFT. Il soldato ZAFT Shinn Asuka insieme ai suoi amici alla sortita della nave ZAFT Minerva nel tentativo di scoraggiare questo dirottamento. Con l'assistenza della guardia del corpo di Cagalli, Athrun Zala, la Minerva insegue la nave sconosciuta che ha dirottato i Gundam fino a quando non si verifica un problema ancora più grande che porta all'inizio della seconda guerra dei Bloody Valentine.
Nota: a marzo 2013 è iniziata la messa in onda dell'HD Remaster. Come l'HD Remaster di Gundam SEED, il remaster di questa serie non solo migliora l'animazione, ma altera anche le linee e le scene dell'originale, oltre a introdurre nuovi mobile suit. Il numero di episodi per la rimasterizzazione è stato di 50 episodi. L'episodio riassuntivo "Refrain" è stato completamente omesso dall'HD Remaster, mentre l'episodio finale si è diviso in due parti: "Final Power" e "The Chosen Future", basati sullo speciale televisivo "The Chosen Future", con filmati aggiuntivi.