Panoramica:
Un team di scienziati usa il DNA di un Pokémon raro, Mew, per creare il Pokémon più forte del mondo, Mewtwo. Non volendo essere usato come esperimento, Mewtwo usa i suoi poteri psichici in una rabbia violenta per distruggere gli scienziati che lo hanno creato. Mewtwo cerca quindi di imparare a concentrare i suoi poteri con l'aiuto di Giovanni, l'uomo che ha finanziato le operazioni degli scienziati, ma scopre che viene utilizzato di nuovo. Così Mewtwo decide di trovare il proprio scopo nella vita e di vendicarsi degli esseri umani distruggendo la vita sulla terra usando una tempesta mortale. Ash Ketchum e un gruppo di altri Allenatori di Pokemon vengono convocati da Mewtwo per combattere con esso, ma presto scoprono di essere stati invitati solo per consentire a Mewtwo di clonare i loro Pokemon per i propri scopi. Ash cerca quindi di trovare un modo per fermare il piano di Mewtwo prima che possa essere portato a termine.