Panoramica:
Molto tempo fa, su un'isola chiamata Altomare, vivevano un vecchio e una donna. Un giorno, la coppia trovò due bambini piccoli sdraiati sulla riva, gravemente feriti. La coppia li ha accolti e si è presa cura di loro, e i bambini si sono rapidamente ripresi. Ma poi, l'isola è stata attaccata da mostri. In pochi istanti l'isola cadde nell'ira dei mostri. Ma poi... Davanti agli occhi del vecchio e della signora, i bambini di cui si erano presi cura si trasformarono nei Pokemon Eon, Latios e Latias. Hanno chiamato la loro famiglia dal cielo. Arrivarono e portarono con sé una pietra che conteneva il potere di scacciare i mostri. Questa gemma era conosciuta come la "Rugiada dell'Anima". La pace tornò sull'isola. Tuttavia, più avanti nel presente, un duo criminale - Zannâ e Rion - sta cercando Latios e Latias per prendere il controllo della Rugiada dell'Anima. Prendendosi una breve pausa ad Altomare, Satoshi fa amicizia con Latias e ora viene trascinato nella situazione aiutando a salvare Altomare dall'essere inghiottito di nuovo dalla distruzione.