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Uno strano fenomeno ambientale ha causato l'innalzamento della crosta terrestre verso l'alto nella prefettura di Kanazawa, a Tokyo. La terra ha raggiunto altezze senza precedenti, e ha creato un'area isolata che venne battezzata come The Lost Ground. La storia si svolge 22 anni dopo questo evento: Kazuma è un giovane mercenario che vive nel Lost Ground ed è costantemente alla ricerca di un qualsiasi lavoro che gli possa garantire il sostentamento in quel duro ambiente. Kazuma, inoltre, è una delle poche persone dotate dell'abilità Alter, che gli consente di manipolare la materia in modo da trasformare il suo braccio destro in una potente arma. Quando questo mercenario incontrerà Ryuho, uno dei membri d'élite della HOLY, un'unità speciale composta da possessori di Alter, avrà inizio una rivalità epica.