L'Accademia Militare dell'Impero di Barsburg è nota per l'addestramento di élite che portano la vittoria all'impero. Gli studenti dell'accademia utilizzano liberamente un'abilità chiamata "Zaiphon" per combattere, mentre i tipi di Zaiphon utilizzabili dipendono dalla natura del soldato. Teito Klein, uno studente dell'accademia, è uno dei soldati più promettenti prodotti. Sebbene sia ridicolizzato da tutti per essere uno sklave (schiavo in tedesco) senza ricordi del suo passato, fa amicizia con un compagno di studi chiamato Mikage. Mentre si prepara per l'esame finale, Teito scopre un oscuro segreto legato al suo passato. Quando un tentativo di assassinare Ayanami, un alto funzionario che ha ucciso suo padre, fallisce, Teito viene rinchiuso in attesa di punizione. Volendo solo il meglio per Teito, Mikage lo aiuta a fuggire. Teito finisce nella chiesa del 7° distretto dove viene accolto dai vescovi. È qui che Teito tenta di eludere la presa di Ayanami e dell'esercito, in modo da poter riscoprire i suoi ricordi e scoprire perché è la persona che può cambiare il destino del mondo.