3X3 Eyes è la storia di un giovane di nome Yakumo Fuuji, che attraverso una strana serie di eventi diventa lo schiavo immortale dell'ultimo di una razza di immortali a 3 occhi. L'immortale assorbe la sua anima per salvargli la vita, rendendolo immortale nel processo. Ora, inizia un viaggio con la femmina immortale nel tentativo di trovare un modo per diventare umano. Naturalmente, ci sono molte complicazioni lungo la strada, non ultima delle quali è che l'immortale è una femmina con una doppia personalità, una dolorosamente carina e l'altra è un potere distruttivo senza fronzoli, e le storie d'amore che si sviluppano tra di loro.