In Giappone, nell'anno 2035, durante un progetto di ricerca si verifica un incidente noto come "Burst", generando una forma di vita artificiale fuori controllo chiamata "Materia" che si è diffusa in tutta la gola di Kurobe. La città della ricerca, che un tempo era salutata come la speranza per l'umanità, è stata isolata dal governo. Due anni dopo, la quindicenne Aiko Tachibana, che ha perso la sua famiglia nello scoppio, impara qualcosa di incredibile da Yuya Kanzaki, una nuova studentessa della sua scuola. Un segreto è nascosto nel suo corpo e la risposta all'enigma si trova nel "Punto Primario" che era il centro dell'Esplosione. Quando un ragazzo incontra una ragazza con il destino dell'umanità nelle loro mani, quale nuova verità verrà alla luce?