Aki-Sora ruota attorno ad Aki Aoi e Sora Aoi, una coppia di fratelli stretti che hanno condiviso un legame intimo fin dall'infanzia. Durante il raggiungimento della maggiore età, ognuno di loro arriva a realizzare la vera profondità dell'amore che prova l'uno per l'altro e consuma quell'amore in segreto. Tengono all'oscuro della loro nuova relazione la sorella minore, Nami, la gemella di Sora. Nami, all'oscuro di ciò che sta accadendo nella sua famiglia, mira a far incontrare suo fratello con la sua migliore amica, Kana Sumiya. Nonostante queste relazioni, Nami sembra provare dei sentimenti per qualcuno vicino a lei, ma li tiene segreti.