La seconda stagione di Ansatsu Kyoushitsu. Gli studenti tornano mentre la scuola è tornata in sessione per il secondo semestre. Dopo le loro imprese sull'isola durante le vacanze estive, la Classe 3-E continua ad affilare le lame con gli occhi puntati sul loro insegnante, il viscido Koro-sensei. Tuttavia, non hanno solo di cui preoccuparsi oltre al loro insegnante, poiché gli assassini nemici, sia vecchi che nuovi, sono in cerca di una taglia maggiore sulla testa del polpo. Inoltre, i loro rivali nella Classe A, così come il temibile preside della Kunugigaoka Junior High, stanno per impedire alla Classe E di raggiungere l'eccellenza accademica. Con tutti questi ostacoli che si oppongono a loro, il gruppo deve continuare a lavorare insieme per superare i loro nemici e raggiungere il loro obiettivo di assassinare con successo il loro insegnante.