La storia è incentrata su Akihisa Yoshii, il "baka" del titolo. La sua accademia divide rigidamente il corpo studentesco in classi in base ai risultati dei test. I prodigi sono in classe A con sedili reclinabili completi di aria condizionata, ma Akihisa è in classe F, il gradino più basso della scaletta scolastica che è arredato solo con tavolini bassi e decrepiti e tatami di paglia consumati. Una ragazza di nome Mizuki Himeji è in realtà una delle ragazze più intelligenti del secondo anno di Akihisa, ma ha avuto la febbre il giorno del test ed è stata incasellata nella classe F. Oltre a Mizuki (che Akihisa adora segretamente), la classe F ha anche Yuuji Sakamoto, il presidente della classe che è stato amico e complice di Akihisa sin dal primo anno. La scuola ha sviluppato esperimenti per evocare creature fantasy, e Akihisa decide di radunare la classe F per affrontare le classi di livello superiore e cogliere i loro vantaggi. La classe F usa le creature evocate in una battaglia a tutto campo per la supremazia scolastica.