Il Bakumatsu era un'epoca in cui le anime dei giovani bruciavano di ansia per il futuro del loro paese. Takasugi Shinsaku, un soldato di ventura di Choshu, si intrufola a bordo di una nave governativa con il suo compagno Katsura Kogorou alla ricerca di un misterioso "orologio" con il potere di manipolare il tempo che teme che il governo voglia tenere per sé. Piuttosto che permettere che tale potere cada nelle mani sbagliate, Takasugi progetta di distruggere il manufatto, ma dopo averlo ottenuto, il manufatto viene rapidamente rubato, costringendo la coppia a seguire il misterioso ladro fino alla sede del governo a Kyoto. Tuttavia, quando arrivano nella capitale, scoprono che il governo è stato rovesciato e la divinità Susanoo ora regna al suo posto. Le strade della città e le persone che vi abitano sono molto diverse da quelle che ricordavano Takasugi e Katsura. I tempi sono cambiati, ma la loro missione non è cambiata: Takasugi e Katsura decidono di resettare il tempo e salvare la loro nazione dalle forze nefaste che cercano di dirottarla.