Train Heartnet è il famigerato pistolero "Black Cat", un assassino a sangue freddo che lavora per l'organizzazione nota come "Chronos", portando il marchio XIII sul suo corpo. La maggior parte della sua vita è stata circondata dalla violenza, quindi Train è tranquillo, asociale e indifferente. Tuttavia, la sua vita cambia quando incontra la misteriosa Sweeper (cacciatrice di taglie), Saya. Il suo modo unico di vivere interessa Train, ma si verifica una tragedia, con il risultato che Train cambia il modo in cui ha vissuto verso la vita di uno spazzino con i nuovi amici Sven ed Eve.