“Black Jack”, giovane e talentuoso chirurgo che opera nella clandestinità a causa del suo odio per l’ipocrisia e la corruzione della classe medica, inizia ad indagare sulla cospirazione che ha causato la morte di sua madre. Si ritrova così ad investigare sui segreti dell’Organizzazione e del suo Progetto “Noir”, in cui erano coinvolti suo padre e altri medici importanti.