Nonostante l'uso del disegno di legge sull'ordinanza sui giovani per far rispettare il coprifuoco per i minori e regolamentare l'uso di Internet, i giovani continuano a lottare per la propria libertà attraverso metodi clandestini. Uno di questi gruppi si chiama SIRRUT. Hanno deciso di affrontare Fumito Nanahara, un uomo che ha una grande influenza sul mondo politico, e sostanzialmente controlla Tokyo con il pugno di ferro. Mentre usano Internet come arma per scoprire maggiori informazioni su Fumito, vengono a conoscenza di "Tower", l'organizzazione segreta dietro Fumito che si impegna nella sperimentazione umana. Quando i membri di Surat tentano di organizzare un'imboscata nella metropolitana per esporre la verità dietro la "Torre", creature misteriose appaiono improvvisamente e attaccano i passeggeri. Durante questa crisi, appare Saya - una giovane ragazza che usa una lama giapponese per uccidere gli Antichi. La stessa Saya che ha perso tutto ciò che aveva di più caro in quell'orribile incidente nella provincia di Ukishima. Che tipo di "esperimento" stanno cercando di condurre Fumito e "Tower" usando gli Antichi? E riuscirà Saya a vendicarsi finalmente di Fumito? Ora inizia la battaglia finale...