La storia inizia quando lo studente delle superiori Kazuki Muto viene ucciso una notte salvando una misteriosa ragazza da un mostro, solo per svegliarsi nel dormitorio della sua scuola, credendo che fosse stato un sogno. Tuttavia, scopre presto che quel sogno non era affatto un sogno quando un gigantesco mostro serpentino attacca lui e sua sorella. Tokiko Tsumura, la ragazza che ha salvato, spiega che il mostro è un homunculus. Kazuki era stata attaccata e uccisa da esso mentre la stava salvando. Tuttavia, lei, sentendosi responsabile per lui, lo rianimò mettendogli un medaglione Kakugane nel petto, che fungeva da cuore sostitutivo. Il Kakugane, come spiega Tokiko, è un dispositivo alchemico che, una volta attivato, assume una certa forma in base all'utilizzatore del Kakugane, formando un unico Buso Renkin. Il Buso Renkin è l'unica cosa che può distruggere un mostro homunculus. Usando questo, Kazuki crea il suo Buso Renkin (il "Cuore della Luce del Sole", un'enorme lancia). Insieme a Tokiko e al suo Buso Renkin (la "Valkyrie Skirt", una falce da esecuzione), Kazuki si unisce alla lotta contro gli homunculi e il loro padrone.