La storia è incentrata sulle abilità speciali che si verificano tra una piccola percentuale di ragazzi e ragazze durante la pubertà. Yuu Otosaka usa il suo potere senza che gli altri lo sappiano, e vive una vita scolastica abbastanza normale, nella media. Davanti a lui appare improvvisamente una ragazza, Nao Tomori. A causa del suo incontro con lei, il destino degli utilizzatori di poteri speciali sarà scoperto.