Sono passati alcuni mesi da quando Tomoya ha dichiarato il suo amore a Nagisa e la sua vita continua ad andare avanti mentre continua a incontrare una varietà di nuove persone, espandendo il suo mondo nel processo. Mentre il mondo di Tomoya continua ad espandersi, la sua relazione con Nagisa sta entrando in una nuova fase, e nessuno dei due è abbastanza sicuro di dove li porterà. Attraverso il suo rapporto con Nagisa, Tomoya inizia a capire il significato e l'importanza della famiglia. Ma quando Tomoya e Nagisa creano una famiglia tutta loro, si trovano ad affrontare molte difficoltà lungo la strada in Clannad: After Story Nota: include 2 episodi "extra" e "riassunto" non numerati che sono andati in onda alla fine della serie.