In un universo alternativo all'anime originale di Clannad, Okazaki Tomoya esce con Sakagami Tomoyo nel 24° e ultimo episodio di Clannad. Quando Tomoyo viene eletta presidente del consiglio studentesco, il suo sogno di salvare gli alberi di ciliegio della scuola dall'abbattimento inizia a realizzarsi. Tuttavia, i suoi doveri infiniti e le cattive voci sulla loro relazione diffuse dai compagni di scuola a causa della reputazione di Tomoya come delinquente creano una spaccatura tra i due. Mentre Tomoya guarda Tomoyo salire sempre più in alto in lontananza, la loro relazione è tesa al limite da una società che minaccia di separarli.