Clannad è ambientato in un liceo situato in una città giapponese. Okazaki Tomoya è uno studente del terzo anno che non prende sul serio i suoi studi. Sempre in ritardo per le lezioni, è visto come un delinquente dal resto dei suoi compagni di classe che sono impegnati a prepararsi per gli esami di ammissione. Inutile dire che non ha nemmeno molti amici intimi. Anche Tomoya sembra non preoccuparsene, finché un giorno incontra una ragazza, Furukawa Nagisa, che rimane sola senza amici in questa scuola, perché tutti quelli che conosceva si sono già diplomati. Che ragazza goffa, pensa all'inizio. Ma non può lasciarla sola e così, mentre la aiuta, incontra alcune altre ragazze della sua scuola. Anche se all'inizio non gli importa molto di loro, presto apre loro il suo cuore mentre si conoscono meglio.