Naoto ha abbandonato la scuola superiore ed è un brillante armeggiatore dilettante. Vive in un mondo che è stato così sovrasfruttato che l'intera superficie è diventata un'unica grande macchina. Quando una scatola si schianta contro la sua casa contenente un automa femmina, è un presagio di cambiamento che scuoterà l'intero globo e darà a Naoto la possibilità di essere un eroe.