Cyborg 009 è la storia di nove cyborg sperimentali (otto maschi e una femmina), che sono stati raccolti dal malvagio gruppo terroristico, Black Ghost. Quei nove cyborg, con l'aiuto di uno scienziato, si rivoltano contro il controllo di Black Ghost. Black Ghost a sua volta inizia a inviare altri cyborg per distruggere i loro primi nove cyborg sperimentali e causare distruzione in tutto il mondo. Gli episodi 1-48 sono andati in onda in TV. Gli episodi 49-51 consistono nell'OAV "GOD'S WAR". Un ulteriore episodio di riepilogo è andato in onda tra gli episodi 47 e 49. L'arco bonus di "God's War: Prologue" non è destinato ad essere in continuità con gli altri episodi, in quanto è stato invece prodotto come teaser all'adattamento del capitolo finale non scritto del manga Cyborg 009. TV Tokyo non ha potuto mandare in onda più di 51 episodi e i primi due episodi OAV sono stati tagliati e fusi insieme in un unico episodio, lasciando l'ultimo non andato in onda.