Makoto Naegi, l'Ultima Speranza che ha sconfitto l'Ultima Disperazione, Junko Enoshima, è sospettato di tradimento contro la Future Foundation per aver ospitato i Resti della Disperazione che hanno portato avanti la sua volontà. Mentre i membri di spicco della Future Foundation, tra cui gli ex compagni di classe di Makoto Kyoko Kirigiri, Aoi Asahina e Yasuhiro Hagakure, vengono riuniti per decidere la punizione di Makoto, vengono tutti imprigionati da Monokuma, che costringe tutti a partecipare a un gioco di uccisione finale. Devono cercare di trovare il traditore tra loro che li ucciderà nel sonno, cercando anche di evitare di essere avvelenati mortalmente da azioni proibite personalizzate. Catapultati in un gioco in cui nessuno può fidarsi l'uno dell'altro, gli ideali di speranza di Makoto sono spinti al limite. In onda insieme a Danganronpa 3: Zetsubou-hen, con Mirai-hen che inizia per primo.