Questa volta la location si trova nel mare vicino all'isola di Hachijo-jima, a Tokyo. Ingegneri di tutto il mondo si sono riuniti per l'operazione su larga scala di "Pacific Buoy", una struttura offshore per collegare le telecamere di sicurezza di proprietà delle forze di polizia di tutto il mondo. Lì è in corso un test di una certa "nuova tecnologia" basata su un sistema di riconoscimento facciale. Nel frattempo, Conan e i Detective Boys visitano Hachijo-jima su invito di Sonoko e ricevono una telefonata da Subaru Okiya (uno studente laureato alla Graduate School of Engineering della Tokyo Metropolitan University, che è un agente dell'FBI Shuichi Akai e un Rye dell'organizzazione vestita di nero) che li informa che un dipendente dell'Europol è stato assassinato in Germania da Jin della Black Organization. Conan, che è inquieto, si intrufola nella struttura e scopre che un'ingegnere donna è stata rapita dalla Black Organization...! Inoltre, una chiavetta USB contenente alcune informazioni in suo possesso finisce nelle mani dell'organizzazione... Un'ombra nera si insinua anche su Ai Haibara (Ai Haibara / Shiho Miyano / Sherry della Black Organization di Detective Boys),..