Masaru, uno studente del secondo anno delle medie e imbattuto combattente di strada, sta per imparare il significato della parola "lavoro di squadra". Dopo che Agumon fugge dalla DATS, un'organizzazione che si occupa di Digimon, finisce in una lotta con Masaru. Presto Yoshino e Lalamon arrivano per catturare Agumon, e i due combattenti scappano. Dopo l'apparizione di un Digimon malvagio, tocca a Masaru e Agumon sconfiggerlo con la loro carica del DNA. Presto, Masaru deve unirsi alla DATS per porre fine all'arrivo dei Digimon sulla Terra. Con l'aiuto di Yoshino, Ikuto e Touma, il gruppo deve fermare tutti i Digimon malvagi che appaiono e riportarli a Digiworld. Ma non tutto va come previsto...