Dopo cinque anni in cui ha nutrito sentimenti inespressi, il liceale Taiju Ooki è finalmente pronto a confessare il suo amore a Yuzuriha Ogawa. Proprio quando Taiju inizia la sua confessione, tuttavia, una luce verde accecante colpisce la Terra e pietrifica l'umanità in tutto il mondo, trasformando ogni singolo essere umano in pietra. Diversi millenni dopo, Taiju si risveglia e scopre che il mondo moderno è completamente inesistente, poiché la natura è fiorita negli anni in cui l'umanità si è fermata. In un mondo di statue di pietra, Taiju incontra un altro essere umano vivente: il suo amico Senkuu, amante della scienza, attivo da alcuni mesi. Taiju scopre che Senkuu ha sviluppato un grande piano: lanciare la completa rinascita della civiltà con la scienza. I muscoli di Taiju e il cervello di Senkuu si combinano per forgiare una formidabile collaborazione, e presto scoprono un metodo per rianimare coloro che sono pietrificati. Tuttavia, il piano generale di Senkuu è minacciato quando le sue ideologie vengono messe in discussione da coloro che si risvegliano. Nel frattempo, la ragione della pietrificazione dell'umanità rimane sconosciuta.