Siamo dalle parti di Okinawa nell’isola di Iwado sulla quale un movimento politico locale monta la protesta reclamando un governo autonomo. Qui vive Ao Fukai, un ragazzo il cui padre è scomparso molto tempo prima e la cui madre è anch’essa sparita, portata via da degli uomini di provenienza ignota. Ao ora vive assieme a un vecchio dottore del posto di nome Toshio. Accanto ad Ao c’è la sua amica e coetanea Naru Arata la quale possiede un “potere Yuta” risvegliatosi in lei per via di un incidente di alcuni anni prima. Un giorno un entità conosciuta solo come “Secret” appare attaccando la formazione di Scub Coral sulla costa dell’isola minacciandone gli abitanti. Nel precipitare degli eventi Ao riesce a salire a bordo di un trasporto dell’esercito Giapponese e ad attivare un unità militare chiamata “Nirvash” lanciandosi così all’attacco. Nell'anime avranno un ruolo rilevante anche due nuovi personaggi, membri di un organizzazione militare privata chiamata Generation Blue e formanti il Team Pied Paper: trattasi di Fleur Branne, pilota di IFO dal carattere determinato e orgoglioso, e della sua collega Elena Peoples, descritta come una ragazza allegra ma anche piuttosto misteriosa.