La storia è ambientata nell'anno 2015, durante l'era finale su cui la magia ancora dominava. L'organizzazione per la sopravvivenza e la sicurezza dell'umanità Chaldea è stata fondata per osservare il mondo che può essere visto solo con la magia e il mondo che può essere misurato solo dalla scienza, nonché per prevenire l'estinzione finale dell'umanità. Grazie agli sforzi di molti ricercatori, il percorso della storia umana è stato assicurato per 100 anni nel futuro. Tuttavia, senza preavviso, il regno del futuro che era sotto costante osservazione da parte della Caldea svanì. L'estinzione dell'umanità nel 2017 è stata osservata, anzi, confermata. La causa apparente dell'estinzione è stata nella città giapponese di Fuyuki nel 2004. In quella città c'era un "regno inosservabile" che non era mai esistito fino ad ora. La Caldea emise il Grande Ordine per una "Spedizione del Santo Graal", per indagare, scoprire e possibilmente distruggere la singolarità che apparentemente causerà l'estinzione dell'umanità.