Nonostante gli avvertimenti del padre adottivo che la ragazza trovata tra i resti di una città distrutta è troppo pericolosa per essere considerata qualcosa di diverso da uno strumento o un'arma, Shirou Emiya arriva a trattare Miyu come una sorella minore. Ma quando Shirou allenta la guardia e Miyu inizia la scuola normale, la famiglia Ainsworth e i loro agenti piombano in picchiata, rapendo la ragazza con l'obiettivo di sacrificarla! Di fronte alla consapevolezza che la capacità di Miyu di fare del bene sarà sempre eguagliata dalla sua capacità di distruzione, Shirou deve tentare di salvare la sorella adottiva e decidere come affrontare la minaccia che i suoi poteri rappresenteranno sempre.