Il secondo film di una trilogia che si adatta al 3° percorso della popolare visual novel: Fate/stay night. Shirou Emiya fece la sua scelta: continuare a combattere e proteggere Sakura Matou. A causa della partecipazione di Zouken Matou alla Guerra del Santo Graal e della sua evocazione del Servo Vero Assassino, le cose iniziano a distorcersi, peggiorando costantemente giorno dopo giorno. Deciso a proteggere Sakura e a non tradirla, Shirou si rifiuta di lasciare la battaglia. Mentre Sakura si preoccupa per Shirou, si ritrova anche invischiata nel suo stesso destino di maga. Tuttavia, i loro fervidi desideri stanno per essere schiacciati dalla misteriosa ombra nera che copre la città, uccidendo Padroni e Servitori uno per uno...