Con la promessa di esaudire qualsiasi desiderio, l'onnipotente Santo Graal ha scatenato tre guerre nel passato, ognuna troppo crudele e feroce per lasciare un vincitore. Nonostante ciò, la ricca famiglia Einzbern è fiduciosa che la Quarta Guerra del Santo Graal sarà diversa; vale a dire, con un vaso del Santo Graal ora in mano. Solo per questo motivo, il tanto odiato "Magus Killer" Kiritsugu Emiya viene assunto dagli Einzbern, con il matrimonio con la loro unica figlia Irisviel come contratto vincolante. Kiritsugu si trova ora al centro di un spietato gioco di sopravvivenza, affrontando altri sei partecipanti, ognuno armato di un antico famiglio e alimentato da desideri e ideali unici. Accompagnato dal suo famiglio, Saber, il famigerato mercenario trova presto il suo più grande avversario in Kirei Kotomine, un sacerdote che cerca la salvezza dal vuoto dentro di sé alla ricerca di Kiritsugu. Basato sulla light novel scritta da Gen Urobuchi, Fate/Zero descrive gli eventi della Quarta Guerra del Santo Graal, 10 anni prima di Fate/stay night. Assisti a un battle royale in cui nessuno ha la garanzia di sopravvivere. Nota: il primo episodio è andato in onda con una durata di ~48 minuti rispetto all'episodio standard di 24 minuti.