La città di Hayato viene devastata da un robot gigante, i suoi genitori vengono uccisi nel massacro. L'unico amico che gli è rimasto è il suo cane Jack, le uniche cose che gli sono rimaste sono la scarpa della mamma e la foto di un uomo e una donna che, come gli dice suo padre sul letto di morte, sono i suoi veri genitori. Ora Hayato vuole vendicarsi di colui che si dice abbia inviato il robot: la terribile Nave Fantasma che minaccia le navi e si dice che voglia sterminare tutto. Ma poi Hayato si imbatte in una fabbrica sotterranea segreta del signor Kurosio, proprietario di quasi tutto in città, e si rende conto che le cose non sono come il signor Kurosio gli aveva detto... Qualcuno di terribile vive in un castello sotto il mare... Hayato sta cercando di dire alla gente la verità, ma la sua vita è ora in pericolo a causa di colui che non vuole essere conosciuto. Poi Hayato viene salvato nientemeno che dal capitano della nave fantasma... Hayato sta per scoprire più di un segreto che stava cercando.