Anche se è passato un anno da quando è stato creato l'Iwatobi High School Swim Club, i nuovi membri devono ancora unirsi al club. Ora che Haruka Nanase e Makoto Tachibana sono studenti dell'ultimo anno, insieme alle loro amiche più giovani Nagisa Hazuki e Rei Ryuugazaki, devono trovare un modo per attirare nuovi membri. In caso contrario, il club sarà costretto a chiudere l'anno successivo a causa della mancanza di membri. Nel frattempo, con l'avvicinarsi della laurea, è anche il momento per gli anziani di decidere i loro piani per il futuro. A differenza del loro amico Rin Matsuoka, il nuovo capitano del Samezuka Academy Swim Club che è determinato a realizzare il suo sogno di diventare un nuotatore professionista, Haruka e Makoto non sono sicuri di quale percorso professionale vogliano intraprendere. Ulteriori problemi sorgono quando un vecchio amico di Rin, Sousuke Yamazaki, arriva in città per studiare alla Samezuka Academy; l'arrivo del nuotatore recentemente scoperto provoca tensione nella relazione tra lui, Rin e Haruka.