Ambientata in un mondo un po' futuristico in cui la Terra è stata invasa ed è in guerra con gli alieni provenienti da un'altra dimensione chiamata Nova, la storia segue le avventure di un ragazzo giapponese di nome Kazuya Aoi che si iscrive all'addestramento in una scuola speciale per ragazze geneticamente modificate, chiamate Pandora, che combattono contro gli alieni e i loro partner maschili, chiamati Limiter, che usano un potere speciale chiamato "congelamento" per limitare la mobilità dell'avversario. Il protagonista fa la conoscenza di un'insolita ragazza più grande di nome Satellizer el Bridget che sembra essere la Pandora più potente della sua classe, ma non ha ancora scelto un partner maschile per essere il suo Limiter, e nonostante gli avvertimenti di tutti i suoi amici, decide di essere il suo Limiter.