Questa serie è ambientata circa due mesi dopo gli eventi avvenuti nei Tuatha de Danaan alla fine della serie originale. Mithril viene a conoscenza di un'organizzazione segreta che dispone di una tecnologia in grado di contrastare la modalità ECS (Electronic Cloaking System). Questa organizzazione, nota come Amalgam, ha anche la "Tecnologia Nera", ottenuta da "Sussurrati" come Kaname Chidori, e come le altre agenzie di intelligenza, intendono ottenerne di più. Tuttavia, quando la missione di Sousuke di proteggere Chidori viene terminata da Mithril, tutto sembra essere a posto per i piani di Amalgam... Come molti dei suoi fan sanno, è basato sul romanzo FMP "The End of Day by Day".