Monaco di Baviera, Germania, 1923. Sono passati due anni da quando Edward Elric è stato trascinato dal suo mondo al nostro, lasciandosi alle spalle il suo paese, i suoi amici e suo fratello minore, Alphonse. Spogliato dei suoi poteri alchemici, ha fatto ricerche per tutto questo tempo sulla missilistica insieme ad Alphonse Heiderich, un giovane che assomiglia a suo fratello, sperando di trovare un giorno un modo per tornare a casa. I suoi sforzi fino a quel momento si erano rivelati infruttuosi, ma dopo aver dato una mano a una zingara problematica, Edward viene coinvolto in una serie di eventi che possono devastare entrambi i mondi. Nel frattempo, nel suo mondo, Alphonse Elric si avventura più a fondo nei misteri dell'alchimia alla ricerca di un modo per ricongiungersi con suo fratello maggiore.