È un nuovo semestre all'Università di Shiiou, e per la "Società per lo Studio della Cultura Visiva Moderna", alias Genshiken, questo può significare solo una cosa: nuove reclute di matricole! Originariamente fondato come un club per gli otaku per discutere del loro amore sfrenato per anime, manga e videogiochi, l'attuale presidente di Genshiken, Chika Ogiue, potrebbe aver fatto il passo più lungo della gamba reclutando un gruppo di fujoshi ossessionati dagli yaoi per unirsi ai loro ranghi! Nel frattempo, i membri originali di Genshiken che da allora si sono laureati si ritrovano a fare i conti con le loro nuove vite come membri produttivi della società.