Gintoki, Shinpachi e Kagura tornano nei panni dei membri amanti del divertimento ma al verde della squadra Yorozuya! Vivendo in una Edo in una realtà alternativa, dove le spade sono proibite e i signori alieni hanno conquistato il Giappone, cercano di prosperare facendo qualsiasi lavoro su cui riescono a mettere le mani. Tuttavia, Shinpachi e Kagura non sono ancora stati pagati... Gin-chan spende davvero tutti quei soldi giocando a pachinko? Nel frattempo, quando una notte Gintoki torna a casa barcollando ubriaco, un'astronave aliena si schianta nelle vicinanze. Un membro dell'equipaggio ferito a morte emerge dalla nave e dà a Gintoki uno strano dispositivo a forma di orologio, avvertendolo che è incredibilmente potente e deve essere salvaguardato. Scambiandolo per la sua sveglia, Gintoki procede a distruggere il dispositivo la mattina dopo e scopre improvvisamente che il mondo fuori dal suo appartamento si è fermato. Con Kagura e Shinpachi al suo fianco, si mette in viaggio per riparare il dispositivo; anche se, come al solito, nulla è mai così semplice per il team Yorozuya. Piena di umorismo ironico e momenti di sincera emozione, la terza stagione di Gintama vede Gintoki e i suoi amici affrontare sia le loro disavventure più esilaranti che le crisi più pericolose.