La storia inizia con i Cento, l'unica arma in grado di contrastare la misteriosa forma di vita selvaggia che attacca la Terra. Per diventare uno Slayer (maestro di arti militari) che brandisce questo Hundred, il personaggio principale Hayato Kisaragi si iscrive con successo alla nave della città dell'accademia marina Little Garden. Tuttavia... "Volevo conoscerti, Hayato!!" "Chi sei...?" Hayato prova uno strano ma familiare senso di incongruenza nei confronti di Emil Crossford, il suo compagno di stanza che in qualche modo lo conosce da qualche parte. Inoltre, non appena entra nella scuola, viene sfidato a duello dalla "Regina" (la più potente Cacciatrice della scuola) Claire Harvey!