Il Giappone progettò un esoscheletro armato potenziato "Infinite Stratos" (IS) che divenne la corrente principale delle armi. Dal momento che solo le donne possono gestire l'IS, le donne dominano la società sugli uomini. Orimura Ichika è un ragazzo di 15 anni e tocca accidentalmente un IS collocato nella scuola di addestramento per piloti IS. Si scopre che è l'unico uomo in grado di gestire l'IS e costretto ad entrare nella scuola di addestramento. La frenetica vita scolastica di Ichika, circondata da ragazze, è iniziata.