Nel 1937, prima della seconda guerra mondiale, inizia sul serio. Il tenente colonnello Yuuki dell'esercito imperiale giapponese forma la "D Agency", un gruppo di intelligence dell'esercito sotto il suo comando e la sua tutela. Lo Stato Maggiore dell'Esercito assegna al tenente Sakuma il compito di osservare le prestazioni dell'unità. L'Agenzia D getta un'ampia rete per trovare agenti oltre al personale militare giapponese, e Yuuki stabilisce i principi dell'Agenzia D, che vanno contro la dottrina dell'IJA: "Non uccidere, non farti uccidere, non farti catturare". Con questo, Yuuki addestra una squadra di agenti che conducono missioni contro potenze nazionali e straniere.