Con i più alti tassi di comparsa di kaiju al mondo, il Giappone non è estraneo agli attacchi di mostri mortali. Entra in scena la Japan Defense Force, un'organizzazione militare incaricata della neutralizzazione dei kaiju. Kafka Hibino, un addetto alla pulizia dei cadaveri kaiju, ha sempre sognato di unirsi alle forze dell'ordine. Ma quando ha un'altra possibilità di realizzare il suo sogno d'infanzia, subisce una trasformazione inaspettata. Come può combattere i kaiju ora che lo è diventato lui stesso?!