La storia ruota attorno all'eroina Yui Kusanagi, a cui viene ordinato da Zeus, un dio e preside di una scuola da lui creata, di insegnare il significato dell'amore a divinità giovani e belle. La ragione che ha per fare questo è quella di annullare gli effetti negativi dell'indebolimento del legame tra il mondo del divino e il mondo degli umani.