La seconda stagione di Kamisama Hajimemashita Nanami Momozono e i suoi famigli, Tomoe e Mizuki, sono sopravvissuti a diverse sfide da quando Nanami ha assunto il mantello di dio patrono del Santuario di Mikage. Naturalmente, il dio del vento Otohiko viene a invitare Nanami all'Assemblea Divina a Izumo, la casa degli dei, e Nanami sceglie di portare Mizuki con sé, lasciando Tomoe a fingere di essere lei a scuola. Tuttavia, ha un secondo motivo per partecipare all'Assemblea Divina: scoprire dove si trova il Signore Mikage, l'ex dio del santuario. Dopo le sue avventure a Izumo, Nanami incontra Botanmaru, un bambino tengu alla ricerca di qualcuno che conosce fin troppo bene: il tengu diventato idolo gotico Shinjirou Kurama. Botanmaru ha bisogno di Shinjirou, il loro principe, per tornare a casa sul Monte Kurama e fermare la tirannia di Jirou, che ha preso il controllo della loro città natale. Tuttavia, Nanami scopre presto una forza molto più oscura di Jirou al lavoro sulla montagna. Nei panni di una divinità alle prime armi che si abitua alla divinità, Nanami si ritrova ad affrontare una ribellione dei tengu, i suoi sentimenti per Tomoe e uno strano uomo legato sia al passato che al futuro di Tomoe.