Nel febbraio 1999, una serie di omicidi mette in agitazione Shiki Ryougi e Mikiya Kokutou. Questi crimini condividono un'inquietante somiglianza con una serie simile di omicidi del 1995, quando Shiki e Mikiya si sono incontrati per la prima volta, e risvegliano un desiderio oscuro e omicida che da allora è rimasto dormiente nell'anima di Shiki. Con Shiki sospettata a causa del suo coinvolgimento negli omicidi passati e della presunta somiglianza con l'assassino, lei e Mikiya si mettono alla ricerca del vero colpevole. Nel bel mezzo delle loro indagini separate, Mikiya si preoccupa sempre più del benessere di Shiki e si affretta a trovare il responsabile per proteggere Shiki dai suoi stessi impulsi. Con la guida che riceve da suo cugino, l'investigatore della polizia Daisuke Akimi, Mikiya viene condotto nel ventre di Mifune City, poiché la salvezza dell'anima di Shiki risiede nella sua determinazione a dimostrare la sua innocenza una volta per tutte.