Mentre il mondo è nel bel mezzo di una rivoluzione industriale, appare un mostro che non può essere sconfitto a meno che il suo cuore, protetto da uno strato di ferro, non venga trafitto. Infettando gli esseri umani con il suo morso, il mostro può creare creature aggressive e non-morte note come Kabane. Sull'isola di Hinomoto, situata nell'estremo oriente, la gente ha costruito delle stazioni per ripararsi da queste creature. Le persone accedono alle stazioni, e trasportano le merci tra di loro, con l'aiuto di una locomotiva a vapore, chiamata Hayajiro. Ikoma, un ragazzo che vive nella stazione di Aragane e aiuta a costruire l'Hayajiro, crea la sua arma chiamata Tsuranukizutsu per sconfiggere le creature. Un giorno, mentre aspetta l'occasione di usare la sua arma, incontra una ragazza di nome Mumei, che viene esonerata dall'ispezione obbligatoria di Kabane. Durante la notte, Ikoma incontra nuovamente Mumei mentre vede Hayajiro andare fuori controllo. Il personale della locomotiva si è trasformato in creature. La stazione, ora sotto attacco di Kabane, è l'occasione che Ikoma stava cercando.