In un lontano futuro, gli esseri umani abbandonano una Terra devastata e viaggiano nello spazio. Tuttavia, a causa di un fenomeno sconosciuto che impedisce loro di viaggiare nello spazio, l'umanità torna sulla Terra solo per trovarla inospitale ad eccezione del Giappone. Per accogliere l'intera popolazione umana, in tutto il Giappone vengono create dimensioni tascabili per ospitare la popolazione. Al fine di trovare un modo per tornare nello spazio, gli esseri umani hanno iniziato a rievocare la storia umana secondo il Libro Sacro Testamento. Ma nell'anno 1413 dell'Era del Testamento, le nazioni delle dimensioni tascabili invadono e conquistano il Giappone, dividendo il territorio in feudi feudali e costringendo gli abitanti originari del Giappone ad andarsene. Ora è l'anno 1648 dell'Era del Testamento, i rifugiati del Giappone ora vivono nella nave cittadina Musashi, dove viaggia costantemente in tutto il Giappone mentre è sorvegliata dall'Unione del Testamento, l'autorità che gestisce la rievocazione della storia. Tuttavia, le voci di un'apocalisse e di una guerra iniziano a diffondersi quando il Testamento smette di rivelare cosa accadrà dopo il 1648. Approfittando di questa situazione, Toori Aoi, capo della Federazione Suprema dell'Accademia Musashi Ariadust e presidente del consiglio studentesco, guida i suoi compagni di classe a sfruttare questa opportunità per riconquistare la loro patria.